Situata a pochi chilometri da Firenze fra le colline del Chianti, dopo essere appartenuta ad alcune tra le più prestigiose famiglie toscane, entra a far parte del patrimonio fondiario mediceo nel 1569, in seguito all’acquisto di Francesco dei Medici. Francesco la affidò al suo architetto di fiducia Bernardo Buontalenti, che la ristrutturò dandogli quella forma che si può oggi ammirare nella lunett
a affrescata dipinta da Giusto Utens nel 1599-1602:
Da lui passò a Ferdinando II, poi a Mattias, infine nel 1667 fu di Cosimo III, il quale decise di farne dono al fratello minore, il cardinale Francesco Maria. La grandiosa opera di ristrutturazione ed ampliamento, voluta dal Cardinale, e realizzata dall’architetto Antonio Ferri, fanno di Lappeggi un edificio fastoso, la decorazione dei cui interni viene affidata ai maggiori artisti del periodo rococò fiorentino: Alessandro Gherardini, Pier Dandini e il decoratore Rinaldo Botti mentre numerosi scultori lavorano alla realizzazione delle statue che adornano lo spettacolare giardino. Con Francesco Maria, Lappeggi fu centro di un’intensa vita mondana, una sorta di piccola corte fuori città: si narra delle grandi piscine rotonde, le cui vestigia sono visibili, in cui si allevavano i pesci da servire freschissimi alla tavola dei Medici, dei grandi viali antistanti le vasche lungo cui crescevano cinquecento piante di limoni; del casino da caccia nel bosco di lecci retrosante la villa, dove i nobili andavano a cacciare i tordi. Tra gli ospiti abituali di Lappeggi era il poeta Giovanni Battista Fagiuoli, che cantò le lodi di questa lussuosa dimora. Gli ambienti interni degli appartamenti del cardinale furono decorati «a fresco» a partire dal 1703, dai pittori Pier Dandini, Rinaldo Botti e Alessandro Gherardini, che realizzarono un ciclo pittorico di sorprendente bellezza e qualità che celebrava lo splendore della corte medicea . Col tempo la villa si arricchì anche di un teatro, di un padiglione come Kaffeehaus e di una sala da gioco per la pallacorda. Tra gli ospiti illustri si ricorda nel 1709, Re Federico IV di Danimarca. La vita spensierata alla corte di Lappeggi fu interrotta dalla morte del Cardinale nel 1710. A descrivere l'aspetto della villa in questo periodo aureo restano alcune descrizioni e vedute, tra le quali una famosa stampa dell'incisore Giuseppe Zocchi. Con l'arrivo dei Lorena a Firenze, le ville suburbane vennero trascurate e in parte alienate. Questa sorte toccò anche a Lappeggi e nel 1816 fu venduta alla famiglia Capacci. Con la demolizione dell'ultimo piano e la trasformazione del giardino in podere, si ebbero delle profonde trasformazioni, alterando per sempre la grandeur della tenuta. Si ricorda il celebre scultore Giovanni Dupré che abitò in villa dal 1875 fino alla sua morte.